در کنار سازمان فوق الذکر سازمان دیگری با نام «سازمان برنامه وبودجه» فعالیت می کرد که به موجب ماده ۴ قانون« برنامه وبودجه» مصوب ۱۳۵۱ زیر نظر نخست وزیر تأسيس گردید که وظیفه ی برنامه ریزی، تنظیم بودجه ونظارت را داشت. اما ‌بر اساس مصوبه ی شماره ی ۴۵۰۱۴ مصوب ۱۱۱۲۱۳۷۸ شورای عالی اداری در هشتاد وششمین جلسه خود به «منظور تحقق مطلوب وظایف ‌و اختیارات رئیس جمهور موضوع اصل یکصد وبیست وششم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران و تامین یکپارچگی در مدیریت کلان کشور، همسویی نظام های مدیریتی با برنامه های میان مدت وبلند مدت، تمرکز وظایف و فعالیت های مرتبط و پیوسته و متجانس بایکدیگر در امور برنامه ریزی، کاهش تداخل و توازی وظایف سازمان های ستادی، ارتقا توان کارشناسی وتصمیم سازی دولت وفراهم نمودن زمینه تحقق مطلوب توسعه اقتصادی، احتماعی کشور تصویب نمود:

۱٫سازمان امور اداری واستخدامی کشور وسازمان برنامه و بودجه باکلیه وظایف، اختیارات، مسئولیت های قانونی ونیروی انسانی خود ادغام و نام آن به سازمان مدیریت وبرنامه ریزی کشور تغییر می‌یابد.. شرح وظایف سازمان مدیریت وبرنامه ریزی کشور در چارچوب قوانین ومقررات موضوعه ی کشور… توسط سازمان تعیین و.. به تأیید رئیس جمهور خواهد رسید..» پس از مصوبه ی مذکور، قانون مدیریت خدمات کشوری بر وجود سازمان مدیریت وخدمات کشوری تأکید نمود.^[۳۰۴] اما « در اواخر سال ۱۳۸۵ ه. ش و در دومین سال دولت نهم، به منظور تمرکز زدایی و روان کردن امور برنامه وبودجه واستخدامی ‌و اعطای اختیارات بیشتر به مقامات محلی به ویژه استانداران، واحدها و دفاتر استانی سازمان مدیریت وبرنامه ریزی منحل و در استانداری ها ادغام و به عنوان یکی از معاونت های استانداری ها تعریف می‌شوند. متعاقباً در ۱۸ تیر ماه ۱۳۸۶ با تصویب شورای عالی اداری ‌و تایید رئیس جمهور، سازمان مرکزی واصلی مدیریت و برنامه ریزی کشور منحل و به جای آن دومعاونت جدید ومستقیما زیر نظر رئیس جمهور ایجاد می‌شوند که این دو معاونت عبارتند از:

الف_ معاونت برنامه ریزی ونظارت راهبردی رئیس جمهور(جانشین سازمان برنامه و بودجه کشور)

ب_ معاونت توسعه مدیریت و سرمایه ی انسانی رئیس جمهور(جانشین سازمان امور اداری واستخدامی کشور)

علی رغم انحلال «سازمان مدیریت وبرنامه ریزی کشور» و عدم وجود خارجی آن در عالم واقع ‌و تشکیل دو معاونت مذکور، مجلس شورای اسلامی تا اواخر سال ۱۳۸۸ ه .ش به دلیل اختلاف دیدگاه با دولت در خصوص نحوه ی انحلال سازمان و تشکیلات معاونت ها، در مصوبات خویش از آوردن عنوان معاونت ها خودداری نمود وهمچنان به تصریح نام سازمان مدیریت وبرنامه ریزی کشور در ماده ۱۲ قانون «مدیریت خدمات کشوری» وسایر مواد این قانون ادامه داد. مخالفان انحلال سازمان مدیریت وبرنامه ریزی معتقد بودند که چون دو سازمان «برنامه و بودجه» و « امور اداری واستخدامی کشور» به موجب قانون مصوب مجلس تأسيس یافته اند، لذا هر نوع تصمیم راجع به ادغام، انحلال، حذف ویا تبدیل آن ها به معاونت رئیس جمهور باید به موجب قانون مجلس باشد و از این لحاظ، مصوبه ی شورای عالی اداری مبنی بر انحلال سازمان، با اصل استقلال قوا مغایر بوده و خارج از حیطه ی صلاحیت رئیس جمهور وقوه ی مجریه می‌باشد…»^[۳۰۵] و از آنجا که مصوبه نمی تواند با قانون مخالفت کند هرچند که مصوبه خود، سازمان متبوع را ایجاد نموده باشد و قانون بر آن صحه گذاشته است، دیگر مصوبه نمی تواند به مخالفت با آن بپردازد و به جای آن سازمان دیگری ایجاد نماید. در نتیجه در ۲۸ خرداد ۱۳۹۲ طرح یک فوریتی «تشکیل سازمان مدیریت، برنامه ریزی و بهره وری » تصویب گردید و در ماده ۲ آن تشکیل سازمان پیش‌بینی گردید^[۳۰۶] و وظایفی برای آن سازمان مقرر گردید.

‌بنابرین‏، می توان اذعان نمود که سازمان تشکیل شده به موجب قانون جدید، ادامه دهنده ی وظایف سازمان ایجاد شده به موجب مصوبه شورای عالی اداری است که وظایف تشکیلاتی واستخدامی سازمان امور اداری ‌و استخدام کشوری را دنبال می‌کند و در مواردی که قانون از سازمان استخدام کشوری یاد ‌کرده‌است می‌تواند جایگزین گردد و اعمال صلاحیت نماید، حتی در مواردی که قانون قابل تسری به قوه قضائیه و قضات می‌باشد که برای نمونه می توان به مواد قانون استخدام کشوری که وظایفی را به سازمان منحل شده می سپارد ، قانون نظام هماهنگ پرداخت وآیین نامه آن و قانون تسهیلات استخدامی اجتماعی جانبازان انقلاب اسلامی ایران اشاره نمود. اما با توجه به آن که قانون مدیریت خدمات کشوری دستگاه های اجرایی مشمول خود را همواره مورد خطاب قرار داده و سازمان را نسبت به آن ها مسئول نموده و قوه قضائیه نیز با توجه به استلالاتی که پیش تر بیان گردید مشمول قانون نمی گردد و آن که اصولا قوه قضائیه در امور اداری واستخدامی خود به موجب قانون اساسی مستثنی گردیده و اصل ۱۲۶ قانون اساسی را تخصیص زده است، می توان نتیجه گرفت که سازمان در خصوص قوه قضائیه مسئولیتی ندارد و تنها از طریق شورای حقوق و دستمزد می‌تواند نسبت به قوه ی قضائیه اعمال صلاحیت نماید، که در مبحث آینده به آن پرداخته می شود.

بهره دوم. تعیین حقوق و مزایا توسط شورای حقوق و دستمزد